Один з виживших раку мав найдовший зафіксований випадок інфікування COVID-19. Ось, що вчені дізналися

47-річна жінка не могла позбутися кашлю та запаморочення, що дивувало інфекціоніста Вероніку Нуссенблатт з Національних інститутів здоров’я (NIH). Її пацієнтка була госпіталізована в NIH з COVID-19 навесні 2020 року; коли літо перетворилося на осінь і зима на зиму, жінка мала б відновитися. Але вона продовжувала потребувати додаткового кисню вдома. “Іноді їй було краще, іноді гірше”, – каже Нуссенблатт. Повторні тести на COVID-19 були позитивні на вірус, але мало. Нуссенблатт та інші лікарі припускали, що вони виявляли невиживші вірусні фрагменти, як це було зафіксовано у інших людей після перенесення COVID-19. Насправді, медична катастрофа жінки, яка тривала майже 1 рік, виявилася унікальним випадком вивчення того, як довго може продовжуватися активна інфекція та як вірус може еволюціонувати всередині тіла однієї людини. Разом із її довготривалими симптомами, пацієнтка Нуссенблатт була незвичайною з іншої важливої причини: вона мала рак – лімфому – і успішно лікувалася агресивним лікуванням клітин CAR-T 3 роки тому. Це лікування залишило її з дуже малим числом В-клітин, типом імунної клітини, яка виробляє антитіла та допомагає імунній системі працювати нормально. У березні тест на COVID-19 показав, що рівень її вірусу, який майже не виявлявся раніше, зросли. Чи була жінка повторно інфікована, чи ніколи не позбулася своєї першої інфекції? Нуссенблатт каже, що хронічний COVID-19 не був на її радарі, частково тому, що її пацієнтка, хоча й хворіла, не була в критичному стані. Крім того, вона не бачила нічого подібного з іншими патогенами. “Я ніколи не чула про трансплантованого пацієнта з грипом протягом року”, – каже Нуссенблатт. “Це дуже довго”. Вона звернулася по допомогу до Елоді Ґеден, молекулярної вірусологині, яка керує лабораторією NIH, що досліджує геноми вірусів SARS-CoV-2 від інфекцій. Ґеден та обчислювальний біолог Еллісон Родер проаналізували зразки від пацієнтки та підтвердили, що вірус продовжував реплікуватися. Потім вони порівняли ці послідовності з тими, що зберігались в пацієнтки 10 місяців раніше. “Це був той самий вірус”, – каже Ґеден. Пацієнтка була заражена в 2020 році однією з перших версій SARS-CoV-2, який на початку цього року більше не циркулював. Зразки з пізнішого етапу інфекції дозволили команді відстежити, як вірус еволюціонував під час боротьби з її ослабленою імунною системою. Нуссенблатт, Ґеден та їхні колеги опублікували звіт цього місяця на сервері medRxiv і подають його на публікацію. “Є дуже мало систематичних досліджень імунно-пригнічених пацієнтів та того, як довго вони продовжують виділяти вірус”, – каже Джонатан Лі, інфекціоніст з Brigham and Women’s Hospital та Harvard Medical School. “Нам потрібно вивчати їх, щоб допомогти цим пацієнтам та запобігти мутації вірусу”. Разом з колегами Лі опублікував в The New England Journal of Medicine випадоковий звіт про 45-річного чоловіка зі слабкою імунною системою, який був інфікований близько 5 місяців і помер від хвороби наприкінці літа 2020 року. “Навіть зараз”, – каже Лі, “я все ще знаходжу місця, де цей пацієнт продовжує вчити нас”. У пацієнта Лі вірус розвивав мутації, що є ознаками альфа-, гамма- та дельта-варіантів SARS-CoV-2, які ще не прижилися в загальному населенні. Імунно-пригнічені пацієнти “дають можливість побачити, як вірус досліджує генетичний простір”, – каже Ґеден. Під час секвенування у пацієнтки NIH було виявлено дві генетичні вилучення, які привернули увагу дослідників. Одне з них було в РНК, яка кодує білок-шип, який допомагає вірусу потрапити в клітини. Тому що критичну роль у тому, як SARS-CoV-2 викликає інфекцію, відіграють мутації в цій послідовності, вони зібрали багато уваги. Але інше вилучення особливо вразило команду: велике вилучення, майже 500 нуклеотидів з 30 000 вірусного геному, яке лежало поза послідовністю шипа. Деякі вчені вважають, що мутації, що не відносяться до білка-шипа, заслуговують на більшу увагу. “Це все час відбувається з білком-шипом, але білок-шип становить лише 13% вірусного геному”, – каже Лі. У червні в Clinical Infectious Diseases Лі та його колеги проаналізували раніше опубліковані випадки хронічних інфекцій та повторних інфекцій, відзначивши, що вилучення, подібне до великого вилучення, виявленого Ґеден та Нуссенблатт, було серед найбільш поширених описаних мутацій. Інші гени, каже Лі, не мають такої ж ролі в передачі та інфекції, як шип, але “вони, ймовірно, мають важливість, коли вірус намагається боротися проти нашої імунної відповіді”. На щастя, хронічні і